生态厕所不仅可以建成固定式的结构。另外由于其配套处理设施小巧，对外界的依赖除电力外，几乎没有，因此具有可移动的特点，是移动型和临时性厕所的选。生态厕所在使用功能上与传统厕所相同，增加的净化单元不仅可以与新型厕所组成一个有机整体，而且可以用在现有厕所的改造和更新上，净化处理单元与现有厕所可以很方便地结合起来，实现现有厕所的升级换代。
粪尿中含有大量的有机物、恶臭及致病微生物，通过环境工程等手段，生态厕所使这些污染物得到妥善处理，终将粪污无害化，在达到环境许可的条件后，排入周围环境，不对环境造成破坏。粪污中含有大量的有机物和丰富的N、P、K等肥效成份。通过特殊的处理回收手段，在粪尿无害化的同时，回收其中有效成份。是目前制肥是主要利用手段之一。另一个重要方面是回收粪尿中的水份。粪尿中70%以上是水份，通过处理，可以使这些污水达到很高的水质标准，甚至可以供人饮用。