抗菌肽主要通过细胞膜直接作用造成膜的物理性损伤，还有其他多种机制。抗菌肽可能存在多靶点，（哺乳动物没有细胞壁）。
传统抗生素大多数是通过抑制细菌细胞壁或DNA的合成而发挥作用，作用靶点通常是单一的个体或者族群（如青霉素结合蛋白、拓扑异构酶等）。
抗菌肽可以相对独立的发挥其抗菌作用, 也可以与其他因子协同作用, 显示出更高的活性。
抗菌肽之间，抗菌肽与传统抗生素具有协同作用, 也与乳铁蛋白、溶菌酶等发生作用以提高活性。
产生耐药性的速度不一样
抗菌肽与细菌细胞膜相互作用，增强细菌细胞膜的通透性、打开膜上的离子通道，让细菌内部的有用物质漏出菌体或电解质平衡失调而死。采用物理式杀菌，使致病菌很难变异成耐药菌株。
抗生素是干扰菌类一种或多种的代谢机能而进行杀菌，这种杀菌方式很容易使菌类变异成耐药菌株。
作用速度不一样
抗菌肽最大的优点在于它们作用迅速，作用于细菌的细胞膜, 通过改变细菌的膜结构杀死细菌。对原核生物细胞有很高的杀菌活性。
传统抗生素通过作用于增殖的细菌内的某些部位起抑菌作用为主, 所以作用时间需要几天。
合成速度不一样
抗生素是通过一系列酶合成的产物，而抗菌肽则是某个基因编码的产物，且合成迅速。
生物活性谱不同
致病菌在遭到破坏或干扰的时候会释放出一种物质—脂多糖（LPS），可促发内毒素血症（毒副作用）。
抗生素无法中和脂多糖，而抗菌肽可中和脂多糖缓解内毒素血症的发生。